یکی از فعالیت های شهرام پازوکی در دانشگاه ها بویژه در قم تلاش برای تولید پایان نامه هاو مقالاتی  علیه تشیع و حتی مرجعیت شیعه است.وی با سوء استفاده از طلاب جوان و دانشجویان حاضر در کلاسهایش با ذهن شویی آنها را علیه علمای شیعه تحریک و تلاش می کند پایان نامه هایی به نفع تصوف خصوصا فرقه صوفیه گنابادی تولید کند.تعداد زیادی از پایان نامه هایی که توسط وی مدیریت شده اند موجود است که فقط  به دو نمونه از آن اشاره می شود.

1-اتهام وهابی گری به مراجع و علمای شیعه

یکی از مقالات تولید شده با مدیرت شهرام پازوکی مقاله ایست با عنوان"بررسی موارد مشترک اتهامات وارده از سوی سلفیون به شیعه و از سوی برخی فقهای شیعه به متصوفه" که برگرفته از درس فرق تصوف شهرام پازوکی در دانشگاه ادیان و مذاهب می باشد.در این مقاله  نویسنده ی مقاله بنام "مهدی پور اسماعیلی" برخی از فقها و مراجع شیعه از جمله آیت اللهه العظمی مکارم شیرازی را با ابن تیمیه سلفی مقایسه می کند.این مقاله اهانت آمیز اکثر فقهای شیعه مخالف تصوف مانند شیخ حر عاملی صاحب کتاب شریف وسائل الشیعه،مقدس اردبیلی و برخی فقهای معاصر را سلفی قلمداد کرده و آثار آنها را که اکثرا مستند به روایات ائمه معصومین است را برگرفته از دیدگاه های وهابیت می داند.

بیشتر مقاله نیز تعریض های کودکانه به کتاب "جلوه حق آیت الله مکارم شیرازی است."

2-رد روایات نقد صوفیه

روایاتی که از سوی رسول گرامی اسلام و ائمه هدی صلوات الله علیهم در رد صوفیه آمده است با پیشنهاد شهرام پازوکی توسط یکی از طلاب اهل افغانستان مشغول در دانشگاه ادیان بنام "محمد عیسی جعفری" مورد رد واقع شده و نویسنده با آسمان ریسمان کردن و تلاشهای غیر مستند سعی نموده است اثبات کند این روایات جعلی است و علما و بزرگان شیعه که اکثرا این روایات را قبول دارند را متهم به جعل یا بی سوادی کند.

نکته مهم در  بسیاری از این پایان نامه ها مشاورین پایان نامه هاست.برای نمونه در دو پایان نامه ی ذکر شده مشاور آقای قاضی زاده است که از روحانیون اصلاح طلب و دوستان شهرام پازوکی می باشد.

آنچه واضح و روشن است شهرام پازوکی در تلاش  میکند نیروهایی تربیت کند که بتواند بااستفاده ی از  آنها در جبهه مستحکم فقهای شیعه علیه تصوف از آغاز غیبت تا کنون خلل وارد نماید.

به نقل از "خرقه پشمینه"